La isla desierta resulta ser un centro de investigación propiedad de Magus Craft donde el padre de Kanon, Kensei, realiza investigaciones. Kojou y Yukina son atacados por una fuerza de vanguardia, pero la que los salva del peligro es la princesa La Folia de Aldeigia, una joven con profundas conexiones tanto con Kanon como con Kojou.

En una isla al sur de Japón se encuentra el Santuario Demoníaco, conocido como la Isla Itogami. En dicho lugar se cuentan rumores de la existencia del vampiro más fuerte del mundo, el Cuarto Progenitor, quien controla a los doce kenjuu de la calamidad. Al ser considerado una amenaza para el mundo la Organización Rey León envía a Yukina Himeragi, una maga de ataque y aprendiz de “Sword Shaman” para cumplir con la tarea de observar y eliminar a Kojou Akatsuki, un joven estudiante de preparatoria quien es sindicado como el Cuarto Progenitor.