Un informante anónimo empieza a filtrar información de la central de la CIA en Berlín. Daniel Miller es el encargado de identificar al informante.

Berlin Station sigue a Daniel Meyer, un oficial que ha llegado a la estación extranjera de la CIA en Berlín para descubrir el orígen de una fuga sobre una persona que ha suministrado información a un denunciante conocido sólo como "Thomas Shaw"; guiado por el veterano oficial Hector DeJean, un agente que trabaja para el jefe Steven Frost, Daniel pronto aprenderá a lidiar con el mundo violento y rudo del trabajo de agente del campo, así como el engaño, los peligros y los compromisos morales.