Emily vive los últimos días de su suspensión del FBI mientras intenta aceptar las consecuencias de sus acciones durante las dos temporadas anteriores. Emily desconfía de todo el mundo y ve amenazas por todas partes, por eso está más vigilante y al acecho que nunca.

Mientras persigue a un asesino en serie, una agente del FBI desaparece y es dada por muerta, dejando solos a su marido, también agente, y a su hijo de 3 años. Pero 6 años después reaparece para sorpresa de todos. Sin recordar nada de lo sucedido desde su secuestro, tiene que adaptarse a una nueva realidad en la que su marido ha rehecho su vida con otra mujer y su hijo no la conoce. Además, una nueva serie de asesinatos hacen pensar a algunos de sus compañeros que ella podría ser la autora.