Shiori viene y le dice a Kakeru y Misuzu todo acerca de la noche roja y de los caballeros negros. Lisette es en realidad Liselotte, que busca destruir el mundo, al igual que su amante, Verard deseaba. 64 años antes, Liselotte fue sellado por Index. Sin embargo, al hacer esto, los discípulos se convirtió en criaturas horribles que ahora se llaman los Caballeros Negros, quienes custodian el sello de Liselotte.

Después de perder a su hermana hace siete años, Satsuki Kakeru lleva una vida vacía, siendo capaz de regresar a la normalidad sólo con la ayuda de su amiga de la infancia Minase Yuka y otros amigos de la escuela. De repente, un día el cielo se vuelve rojo y la luna se vuelve negra. Todos las personas que hay alrededor de Kakeru y Yuka desaparecen y empiezan a aparecer monstruos en las calles. Ellos logran huir y esconderse, y después de un tiempo, el mundo vuelve a la normalidad. Pero justo cuando pensaban que este mundo era un sueño, la Noche Roja se produce de nuevo. Kakeru y Yuka logran encontrar cuatro seres humanos implicados en este fenómeno misterioso: Kusakabe Misuzu, Kukuri Tachibana (una chica muda y extraña que se parece a la hermana fallecida de Kakeru), Hirohara Yukiko,(una joven vivaz que tiene una doble personalidad al quitarse sus gafas -una asesina a sangre fría-) y Takahisa Tajima, un piroquinesico. Se reúnen y tratan de sobrevivir, pero seis sombras aparecen ante ellos, tratando de aniquilarlos, a quienes llaman "Caballeros Negros"